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免疫性腦炎會復發,自身免疫性腦炎總體預后比較好,80%左右的抗N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎患者功能恢復良好,患者早期接受免疫治療和非重癥患者的預后較好,重癥抗N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎患者的平均重癥監護病房治療周期為一至二個月,病死率2.9%至9.5%,少數患者的完全康復需要2年以上。

復發是指自身免疫性腦炎患者在癥狀好轉或者穩定2個月以上而重新出現癥狀,或者癥狀加重則視為復發,抗N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎患者復發率為12%至31.4%,可以單次復發或者多次復發,復發的間隔平均為5個月,通常復發時的病情較首次發病時輕,腫瘤陰性患者和未應用二線免疫治療的患者復發率較高。

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