目前在醫學水平上沒有針對腎囊腫的特異性治療。
對于小腎囊腫,不需要治療,但應定期檢查以確定囊腫是否繼續增加。無癥狀患者應定期檢查尿液,包括尿常規尿液培養,每半年至一年進行一次腎功能檢查,包括內源性肌酐清除率。由于感染是疾病的重要原因,如果沒有必要,不要進行尿路創傷試驗。腎囊腫有很小的穿刺作用,不僅容易感染,而且容易復發,而且經過長期觀察,這種手術不能延緩腎臟損害的發生。手術切除囊腫并不是一件容易的事,因為腎臟表面的囊腫可以切除,但切除埋在腎臟深處的囊腫是相當困難的。如果腫瘤大而且惡性,可以通過外科手術進行探查。如果確認為良性囊腫,則可以去除腎臟表面的壁,并且利用腸實質連續縫合邊緣,并且用碘涂覆殘留的壁。腎實質的一側被廣泛破壞,對側腎功能正常,腎切除術是可行的。