兒童艾滋病會出現肝,脾,淋巴結腫大,生長發育障礙,體重不增,衰弱,腹瀉,口腔念珠菌病,慢性濕疹性皮炎,發熱等。其中常見的致病菌有肺炎球菌,流感桿菌,沙門菌,金黃色葡萄球菌和假單胞菌屬,大腸桿菌等肺部表現慢性進行性肺間質病變,及淋巴細胞性間質性肺炎,或肺淋巴樣是兒童艾滋病特異性的肺部表現。
兒童艾滋病病程較緩和,有咳嗽,呼吸困難,低氧血癥,泌尿系統可表現出尿檢異常主要為蛋白尿。常進展迅速,可發展成為腎功能衰竭,神經系統表現小頭畸形,體格和智力發育遲緩,可出現局灶性異常,機會性感染兒童艾滋病并發機會性感染,包括病毒真菌和原蟲感染較少,以卡氏肺囊蟲病肺炎于首位,艾滋病病毒感染后,免疫系統損傷較成人嚴重,潛伏菌團出現癥狀,常病情進程快。