原因到目前為止尚不是十分的清楚。各種致病原因均可以引起。例如引起的胚胎發育的異常,即可以導致尿道融合的異常,產生尿道下裂,尤其是在先兆流產,早產低體重兒當中,尿道下裂的發病率較高。原因就是可能以配臺未發育完全,生產有很大的關系。尿道下裂也有一定的遺傳因素。
臨床上發現大約20%左右的尿道下裂的患兒均具有家族遺傳類似的疾病。而且,激素和環境對胚胎的發育也有一定影響,也可以導致尿道下裂的發生。還有就是母親在懷孕期間接觸了異常的激素或者一些放射線。可以導致胎兒的畸形出現尿道下裂,以至于出現一些并發癥。